بعد الأحداث الكارثية التي شهدها فيلم إيفانجيليون 2.22، يستيقظ شينجي إيكاري ليجد العالم قد تغير بالكامل. فبعد مرور أربعة عشر عاماً، أصبحت منظمة ويلي بقيادة ميساتو كاتسراغي تدير السفينة الحربية الضخمة AAA وندر، ويبدو أن الجميع قد تقدم في العمر بينما بقي شينجي كما هو. بينما يحاول شينجي التأقلم مع الواقع الجديد، تتعمق أسرار مشروع تهيئة البشرية وتظهر شخصيات جديدة مثل ناغيسا كاورو الذي يحمل مفتاح التغيير. فيلم درامي مليء بالإثارة النفسية والتساؤلات الفلسفية عن ماهية البشر والسعادة.
